Die systematische Erfassung der überwinternden Fledermäuse erfolgt seit Jahren unter Mitwirkung der Arbeitsgemeinschaft für Fledermausschutz, des Landesverbandes für Höhlen- und Karstforschung, den örtlichen Naturschutzgruppen, dem Unesco-Biosphärenreservat Rhön, den Forstämtern, der Unteren und der Oberen Naturschutzbehörde und den Quartiereigentümern. Zumeist handelt es sich bei den etwa 40 untersuchten Fledermausquartieren im Landkreis Fulda um Felsenkeller, Bergwerksstollen und Naturhöhlen, aber auch stillgelegte Eisenbahntunnel, Autobahnbrücken, Unterführungen, alte Munitionsbunker oder ausgediente Wasserbehälter stehen auf der Liste der Winterquartiere.
Sehr erfreulich ist die Entwicklung bei der Mopsfledermaus, die noch Anfang der 1970er-Jahre in Hessen praktisch als ausgestorben galt. Gerade im Landkreis Fulda stieg die Zahl der überwinternden Mopsfledermäuse von zwei Tieren im Winter 2010/2011 auf nunmehr 108 Tiere im vergangenen Winter. Hotspot ist dabei der Milseburgtunnel, in dem bei der Zählung kurz vor Weihnachten eine neue Rekordzahl von 45 Mopsfledermäusen festgestellt wurde. Mit über 80 Fledermäusen aller 10 im Landkreis überwinternden Arten ist der im Sommer als Fahrradweg genutzte Tunnel das individuen- und artenreichste Fledermaus-Winterquartier im Landkreis.
Aber auch andere Quartiere weisen jetzt schon Rekordzahlen auf. So konnten in einem kleinen Felsenkeller bei Neuhof 38 und in einem Bergwerksstollen im Gieseler Forst 60 Fledermäuse gezählt werden. „Endgültige Zahlen zur Bestandsentwicklung der überwinternden Fledermäuse im Landkreis liegen aber erst Ende Februar vor“, sagt Stefan Zaenker. Die Kontrollen laufen bis dahin noch weiter und es fehlen noch einige wichtige Überwinterungsquartiere im Landkreis. Man darf gespannt darauf sein, ob sich die positive Entwicklung, die sich in den ersten Kontrolltagen angedeutet hat, auch so fortsetzt. Obwohl erst etwas mehr als die Hälfte der bekannten Quartiere kontrolliert wurden, konnten jetzt schon insgesamt 328 Fledermäuse festgestellt werden. Die Rekordzahl seit 1999 waren im vergangenen Winter 425 Exemplare der vom Aussterben bedrohten Flattertiere.