Rund 14,7 Millionen Euro sind in die Baumaßnahmen für die Modernisierung dieser Verkehrsstation investiert worden. Die Arbeiten hatten im Juli 2012 begonnen. Die Modernisierung umfasste die Erneuerung der Bahnsteige an den Gleisen 3, 5 und 8, die dabei auf einer Länge von 155 Metern (Gleis 5) bzw. auf 280 Metern (Gleis 3 und 8) auf die für Regionalzüge passende Höhe von 55 Zentimetern angehoben wurden. Der Mittelbahnsteig (Gleis 9/10) wurde instandgesetzt und erhielt einen neuen Belag. Alle Bahnsteige haben nun Leiteinrichtungen für blinde und sehbehinderte Menschen, eine neue Bahnsteigausstattung mit Wetterschutzhäuschen, Sitzgelegenheiten, Informations- und Fahrplanvitrinen und Wegeleitung sowie eine neue Beleuchtung. Der nicht mehr benötigte Mittelbahnsteig an Gleis 1/2 wurde zurückgebaut. Die Bahnsteige haben neue Treppenanlagen erhalten und auf den Bahnsteigen der Gleise 8 und 9/10 wurden Aufzugsanlagen eingebaut, die nun den barrierefreien Zugang ermöglichen. Im Bereich der Treppenaufgänge wurde die Überdachung erneuert. Der Ausgang Ost wurde neu gebaut und mit einer Aufzugsanlage barrierefrei gestaltet. Die südlich gelegene Personen- unter¬führung wurde zurückgebaut und die nördliche Personenunterführung mobilitätsgerecht ertüchtigt und unterhalb der Gleise 10 und 11 verbreitert.
Parallel zur barrierefreien Umgestaltung der Verkehrsstation wurde durch die Stadt Bebra mit der Umgestaltung des Bahnhofsvorplatzes auf der Westseite des Bahnhofs begonnen. Diese Arbeiten werden noch einige Zeit andauern. Dann wird auch von dieser Seite ein barrierefreier Zugang zum Bahnhof möglich sein. Der derzeitige Zugang ist die Zwischenlösung bis zum endgültigen Umbau.
Die Gesamtinvestitionen für die Verkehrsstation verteilen sich mit 6,3 Millionen Euro auf den Bund und die Bahn, mit 8,4 Millionen Euro auf das Land Hessen und die Stadt Bebra. Der Bahnhof Bebra wurde auf Grundlage der im August 2011 zwischen dem Land Hessen, der hessischen Verkehrsverbünde und der DB AG geschlossenen Rahmenvereinbarung modernisiert. Das Programm der
Rahmenvereinbarung enthält für die Gesamtvertragslaufzeit bis 2019 in Summe 93 Infrastruktur¬maßnahmen mit einem Gesamtinvesti¬tionsvolumen von 258 Millionen Euro. Der Umbau des Bahnhofes Bebra gehörte dabei zu den 64 prioritären Infrastrukturmaßnahmen mit kommunaler Beteiligung, bei denen die Vorhabenträgerschaft bei der DB liegt, die den Umbau geplant und durchgeführt hat.
